Quang cảnh Calcutta từ Pháo đài William vào năm 1807.

Trước khi Clive giành chiến thắng tại Plassey, phần lớn lãnh thổ của Công ty Đông Ấn tại Ấn Độ là các đô thị trung tâm Calcutta, Madras và Bombay. Các khu vực này do "hội đồng đô thị" quản lý, có thành phần gồm toàn các thương nhân, họ hầu như được tự trị nhưng thỉnh thoảng không quản lý được địa bàn.[18] Các hội đồng này hầu như không có đủ quyền hạn để có thể quản lý hiệu quả các vấn đề địa phương của mình. Chính phủ Anh thiếu giám sát tổng thể các hoạt động của Công ty Đông Ấn, kết quả là các quan chức Công ty hoặc đồng minh của họ thực hiện một số hành vi lạm dụng nghiêm trọng.[18] Ấn Độ trở thành tâm điểm chú ý của công chúng Anh nhờ chiến thắng của Clive, và việc Công ty được trao cho diwani (quyền thu thuế) của vùng Bengal giàu có.[18] Hoạt động quản lý tiền tệ của công ty bị nghi vấn, đặc biệt là khi công ty bắt đầu lỗ ròng nhưng một số nhân viên của Công ty lại trở về Anh với khối tài sản lớn (biệt danh "Nabob"), theo tin đồn lúc bấy giờ thì họ có được chúng theo cách bất lương.[19] Từ năm 1772 về trước, Công ty cần các khoản vay từ chính phủ Anh để duy trì hoạt động, và phía London lo ngại rằng các hành vi tham nhũng của Công ty có thể sớm lan rộng vào hoạt động kinh doanh và đời sống công cộng của Anh.[20] Các quyền lợi và nghĩa vụ của chính phủ Anh liên quan đến các lãnh thổ mới của công ty cũng được thẩm tra.[21] Quốc hội Anh sau đó tổ chức một số cuộc điều tra, và họ ban hành Đạo luật Điều chỉnh vào năm 1773 dưới thời Thủ tướng Huân tước North, theo đó thiết lập các quy định "để quản lý tốt hơn các sự vụ của Công ty Đông Ấn.[22]

Mặc dù bản thân Huân tước North muốn nhà nước Anh tiếp quản các lãnh thổ của Công ty,[21] nhưng ông bị nhiều phía kiên quyết phản đối, bao gồm một số người trong Thành phố London và Quốc hội Anh.[20] Kết quả là thỏa hiệp trong Đạo luật Điều chỉnh, theo đó mặc dù ngụ ý Quân chủ Anh có chủ quyền tối thượng đối với các lãnh thổ mới này, nhưng khẳng định rằng Công ty có thể trở thành thế lực có chủ quyền nhân danh Quân chủ.[23] Công ty đồng thời sẽ chịu giám sát và quy định của chính phủ và quốc hội Anh.[23] Theo Đạo luật, Hội đồng quản trị (Court of Directors) của Công ty được yêu cầu phải trình tất cả các thông tin liên quan đến các vấn đề dân sự, quân sự và thu thuế tại Ấn Độ để chính phủ Anh xem xét kỹ lưỡng.[24] Đối với việc quản lý các lãnh thổ tại Ấn Độ, đạo luật khẳng định quyền tối cao của tỉnh Pháo đài William (Bengal) đối với các tỉnh Pháo đài St. George (Madras) và Bombay.[25] Đạo luật cũng bổ nhiệm một Toàn quyền (Warren Hastings) và bốn ủy viên hội đồng để điều hành tỉnh Bengal (và giám sát hoạt động của Công ty tại Ấn Độ).[25] "Các tỉnh lệ thuộc bị cấm chỉ tiến hành chiến tranh hoặc lập các hiệp ước mà không được tán thành từ trước của Toàn quyền-trong hội đồng (Governor-General-in-Council) Bengal, ngoại trừ trường hợp cấp thiết. Thống đốc của các tỉnh này về tổng thể phải tuân theo mệnh lệnh của Toàn quyền-trong Hội đồng và chuyển giao cho người này thông tin về tất cả các vấn đề quan trọng."[22] Tuy nhiên, ngôn từ mơ hồ của Đạo luật khiến nó có thể được diễn giải theo nhiều cách; do đó, chính quyền tại Ấn Độ tiếp tục gặp khó khăn do bất hoà giữa các thống đốc tỉnh, giữa các thành viên của hội đồng, giữa Toàn quyền và Hội đồng của ông.[24] Đạo luật Điều chỉnh cũng cố gắng giải quyết nạn tham nhũng thường thấy tại Ấn Độ: Kể từ đó, công chức của công ty bị cấm tham gia vào hoạt động mua bán tư nhân tại Ấn Độ hoặc nhận tặng phẩm từ người dân Ấn Độ.[22]

Tòa nhà Chính phủ, Pháo đài St. George, Madras, trụ sở của tỉnh Madras.

Năm 1783, Liên minh Fox–North cố gắng cải cách chính sách thuộc địa bằng một dự luật do Edmund Burke đưa ra, nhằm chuyển giao quyền lực chính trị tại Ấn Độ từ Công ty Đông Ấn sang một ủy ban quốc hội. Dự luật được Bộ trưởng Ngoại giao Charles James Fox ủng hộ nhiệt tình và được Hạ viện thông qua, nhưng bị Thượng viện phủ quyết do áp lực từ Quốc vương George III. Quốc vương sau đó giải tán chính phủ và thành lập một bộ mới dưới quyền đối thủ của Fox là William Pitt Trẻ. Đạo luật Ấn Độ của Pitt để cho Công ty Đông Ấn nắm quyền kiểm soát chính trị tại Ấn Độ, nhưng thành lập một uỷ ban kiểm soát tại Anh để giám sát sự vụ của Công ty, và để ngăn chặn các cổ đông của Công ty can thiệp vào việc quản lý Ấn Độ.[26][27] Uỷ ban Kiểm soát bao gồm sáu thành viên, trong đó có ngoại trưởng và bộ trưởng tài chính.[24] Vào khoảng thời gian này, cũng có tranh luận sâu rộng trong Quốc hội Anh về vấn đề quyền đất đai tại Bengal, ngày càng nhiều người ủng hộ quan điểm của Philip Francis rằng tất cả đất đai tại Bengal phải được cho là "bất động sản và tài sản thừa kế của các địa chủ và gia đình bản địa".[28]

Warren Hastings là toàn quyền đầu tiên của Pháo đài William (Bengal), ông giám sát các lãnh thổ của Công ty Đông Ấn tại Ấn Độ.

Đạo luật Ấn Độ của Pitt lưu tâm đến các báo cáo về việc công chức Công ty tại Bengal lạm dụng và tham nhũng, và ghi nhận các khiếu nại rằng "'nhiều rajah, zemindar, polygar, talookdar và địa chủ đã bị tước đoạt một cách bất công đất đai, quyền hạn, quyền lợi và đặc quyền của họ'".[28] Đồng thời, các giám đốc công ty lúc này đang nghiêng về quan điểm của Francis rằng thuế đất tại Bengal phải được cố định và kéo dài, tạo tiền đề cho Dàn xếp Vĩnh viễn (Permanent Settlement).[29] Đạo luật Ấn Độ của Pitt cũng đặt thêm một số chức vụ hành chính và quân sự tại mỗi tỉnh, bao gồm: một thống đốc và ba ủy viên hội đồng, một trong số đó là tổng tư lệnh lục quân cấp tỉnh.[30] Mặc dù quyền lực giám sát của Toàn quyền tại Bengal đối với Madras và Bombay được mở rộng, nhưng các tỉnh lệ thuộc này vẫn tiếp tục thực hiện một số quyền tự chủ, kéo dài cho đến khi các thuộc địa của Anh được mở rộng đến mức liền kề nhau và thông tin liên lạc nhanh chóng hơn trong thế kỷ tiếp theo.[31]

Huân tước Cornwallis trở thành toàn quyền mới vào năm 1786. Ông có nhiều quyền lực hơn Hastings, và được ủng hộ từ vị bộ trưởng Henry Dundas đầy quyền lực-là người chịu trách nhiệm về chính sách tổng thể cho Ấn Độ.[32] Từ năm 1784 trở đi, chính phủ Anh có tiếng nói cuối cùng trong việc bổ nhiệm mọi quan chức quan trọng tại Ấn Độ. Quyết định bổ nhiệm chức vụ cấp cao chủ yếu dựa vào mối quan hệ chính trị cá nhân thay vì khả năng hành chính.[33] Thông lệ này khiến nhiều ứng cử viên toàn quyền được chọn từ giới quý tộc địa chủ thuộc phe bảo thủ tại Anh, nhưng cũng có một số người theo chủ nghĩa tự do như Huân tước William Bentinck và Huân tước Dalhousie.[33]

Phiên tòa xét xử Warren Hastings tại Tòa án Westminster Hall, 1789.

Nỗ lực luận tội Warren Hastings cũng định hình quan điểm chính trị tại Anh; phiên tòa bắt đầu vào năm 1788 và kết thúc vào năm 1795 với kết quả là Hastings được trắng án.[34] Mặc dù nỗ lực này chủ yếu do Edmund Burke điều phối, nhưng nó cũng thu hút ủng hộ từ bên trong chính phủ Anh.[34] Burke cáo buộc Hastings phạm tội tham nhũng và chỉ hành động theo ý mình, không quan tâm đến luật pháp và cố tình gây đau khổ cho người khác tại Ấn Độ. Những người bảo vệ Hastings phản bác rằng ông hành động phù hợp với phong tục và truyền thống Ấn Độ.[34] Các bài phát biểu của Burke tại phiên tòa nhận được tán thành, và tập trung chú ý vào Ấn Độ. Tuy nhiên, Hastings cuối cùng vẫn được trắng án, một phần là do chủ nghĩa dân tộc hồi sinh tại Anh sau Cách mạng Pháp. Dù sao thì nỗ lực của Burke đã có tác dụng tạo dựng ý thức trách nhiệm trong công chúng Anh trong việc Công ty Đông Ấn cai trị Ấn Độ.[34]

Chẳng bao lâu sau, xuất hiện bất bình trong giới thương gia London về việc Công ty Đông Ấn được cấp độc quyền vào năm 1600, họ cho rằng điều này không còn cần thiết. Sự độc quyền này nhằm tạo điều kiện thuận lợi để cạnh tranh với Hà Lan và Pháp tại một khu vực xa xôi.[31] Do đó trong Đạo luật Hiến chương 1813, Quốc hội Anh gia hạn hiến chương của Công ty nhưng chấm dứt việc độc quyền, ngoại trừ liên quan đến trà và thương mại với Trung Quốc, mở cửa Ấn Độ cho tư nhân đầu tư và các nhà truyền giáo.[35] Khi Anh ngày càng gia tăng quyền lực tại Ấn Độ, Quân chủ và Quốc hội Anh cũng tăng cường giám sát sự vụ của Ấn Độ. Đến thập niên 1820, công dân Anh có thể giao dịch kinh doanh hoặc tham gia vào công việc truyền giáo tại ba tỉnh, được Quân chủ bảo hộ.[35]

Cuối cùng, theo các điều khoản trong Đạo luật Saint Helena 1833, Quốc hội Anh thu hồi độc quyền của Công ty trong thương mại với Trung Quốc, và biến họ thành một thuộc cấp cho chính quyền Ấn Độ thuộc Anh.[35] Chức vụ toàn quyền Bengal được đổi tên thành toàn quyền Ấn Độ. Toàn quyền và hội đồng hành chính của ông được trao quyền lực duy nhất về lập pháp đối với toàn bộ Ấn Độ thuộc Anh.[31] Do lãnh thổ của Anh tại phía bắc Ấn Độ lúc này đã mở rộng đến tận Delhi, Đạo luật cũng cho phép thành lập tỉnh Agra.[31] Sau khi sáp nhập Oudh vào năm 1856, lãnh thổ này đã được mở rộng và cuối cùng trở thành tỉnh Thống nhất Agra và Oudh.[31] Ngoài ra, vào năm 1854, Anh bổ nhiệm chức vụ phó thống đốc tại Bengal, Bihar và Odisha, để Toàn quyền tập trung vào việc quản lý toàn bộ Ấn Độ.[31]